1.忍术的极意
这是专门给忍术秘籍加经验、升级的秘籍，只要给特定秘籍喂养一本忍术的极意，便可获得480点经验。
2.六种属性的秘籍
忍者学院产出六种属性的秘籍，即为风遁、雷遁、水遁、火遁、土遁、阴阳遁，每种秘籍有一定的基值和成长值，镶嵌在对应的秘籍槽里可提升忍者的生命值、攻击力与暴击率，从而大大提升忍者的属性和实力。玩家获得秘籍的初始等级为1级，通过喂养其他秘籍和忍术的极意可提升等级，最高等级为10级。
忍者学院成功拉开了玩家之间趋于平衡的距离，从而让玩家再次满血投入战斗、厮杀争夺排名与奖励，一度让游戏的PVP玩法趣味性飙升到了顶点。该系统有相对平衡的投入与产出比，玩家会发现凡是消耗越多的玩家，所获得的回报越大，一个十级的紫色魔镜冰晶能给忍者提供653点物理攻击、524点查克拉攻击，那些曾经被抛弃的忍者成功崛起，如鬼鲛与自来也。
秘籍培养需要耗费大量金币，因此绿色、蓝色装备只可成为食材，供养紫色、橙色的秘籍；其次，能把所有秘籍都升级到一定级别（最热门为5级）便可，当然5级之后所得加成是出人预料的！谁升级谁知道，哈哈！
